Covid-19: infectivité, efficacité des vaccins … ce que nous savons vraiment de la variété “indienne”

Nom de code: B.1.617. Avec cette variante dite “indienne” du SRAS-CoV-2, “un nouvel accord” est en cours, a reconnu mercredi le porte-parole du gouvernement, Gabriel Attal. Plus transmissible, provoque des formes plus sévères, échappe aux vaccins … On a beaucoup parlé de celui décrit au début du «double» voire «triple mutant» à cause des mutations d’acides aminés sur la protéine «Spike» du virus. Cela lui permet d’entrer dans nos cellules.

Dans cet article, nous faisons le point sur ce que nous savons, ce qui semble probable et ce qui reste à spéculer. Pour commencer, il convient de noter que cette variante «indienne», classée «préoccupante», regroupe trois sous-domaines différents: B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1617.3. C’est la seconde qui nous intéresse en premier lieu, car elle est majoritaire en France (36 foyers sur 46 d’au moins un cas de la variante indienne identifié le 25 mai, selon Santé publique France). En fait, il est désormais dominant parmi tous les nouveaux contaminants découverts en Angleterre, qui ont augmenté de près de 20% en une semaine.

Plus contagieux, mais de combien?

“Il est probable que B.1.617.2 soit plus transférable que B.1.1.7 [le variant dit britannique, devenu majoritaire au Royaume-Uni fin décembre puis en France fin février, NDLR] », Note l’agence Public Health England dans sa dernière analyse des risques, publiée jeudi 27 mai.« Elle a une transférabilité qui semble être supérieure à l’espèce historique, mais aussi à la variante. [« britannique »], on le voit notamment dans les données in vitro », ajoute Sibylle Bernard-Stoecklin, épidémiologiste à Santé publique France. B.1.1.7 est déjà plus contagieuse que la souche naissante qui a provoqué les deux premières vagues de l’épidémie. Les scientifiques suggèrent généralement une fourchette comprise entre 40 et 70%.

La diffusion de cette variété indienne est “plus rapide” dans les zones touchées, y compris les villes anglaises de Bolton, Bedford et Blackburn, et cela “ne peut être pleinement expliqué par le contact ou le comportement”. En d’autres termes, le ralentissement de la population ne peut pas à lui seul expliquer pourquoi le B.1.617.2 s’y propage si rapidement. L’explication pourrait venir de la mutation L452R, “qui serait associée à un risque de transmissibilité accrue du virus”, ont déclaré Santé publique France et le Centre national de référence des virus des maladies infectieuses dans leur dernière évaluation des risques.

VIDÉO. B.1.617, le variant “double mutant” provoquant l’explosion de l’épidémie en Inde

Combien plus vite se propage-t-il? Difficile de répondre précisément pour le moment. Le Groupe Scientifique Consultatif sur les Urgences (SAGE) considère “possible qu’il soit jusqu’à 50% plus transférable”. «50% est peut-être un peu surfait. Néanmoins, on constate clairement une transférabilité accrue dans les villes où cette variante circule le plus », souligne l’épidémiologiste Antoine Flahault. Sibylle Bernard-Stoecklin appelle de son côté à “rester prudent” avec ces chiffres, en attendant “des données réelles supplémentaires”.

“Il se propage actuellement plus vite que B.1.1.7, mais on ne peut pas encore savoir dans quelle mesure c’est parce qu’il est plus contagieux ou parce qu’il échappe à l’immunité”, a ajouté le biologiste Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS.

Aucune preuve de formes plus graves de la maladie

«Il n’y a toujours aucune preuve claire d’une différence de gravité de la maladie après une infection par cette variante», note l’équivalent britannique de notre conseil scientifique. «La plupart des cas sont récents et le temps de suivi est insuffisant pour permettre une évaluation de la gravité», ajoute Public Health England.

Cependant, le nombre d’hospitalisations a augmenté de 20% en une semaine, sans qu’il soit possible de dire s’il s’agit d’une simple conséquence de l’augmentation des infections ou si la variante est encore plus «gênante». Toutes les régions sont touchées, en particulier le nord-ouest, rapporte le journaliste du Financial Times John Burn-Murdoch, qui n’hésite pas à appeler cela une nouvelle «vague».

Le point «positif» est que cette fois les plus âgés semblent avoir été relativement épargnés grâce à la vaccination, qui devrait limiter le nombre de décès.

La mutation la plus problématique est absente

En particulier, ce qui distingue B.1.617.2 des deux autres sous-lignes est qu’il ne possède pas la mutation E484Q. C’est certainement une bonne nouvelle. Cela “pourrait en effet avoir un impact en termes de fuite immunitaire (post-infection et post-vaccination)”, a déclaré le 26 avril la direction générale de la santé.

Comme c’est souvent le cas, cela n’a “pas encore été formellement démontré”. Par ailleurs, le variant 201 / E484Q, qui possède également la mutation E484Q et a été détecté dans plusieurs foyers à Bordeaux, semble avoir épargné les populations les plus âgées et donc vacciné, a récemment rapporté l’agence régionale de santé Nouvelle-Aquitaine.

Quelques cas de réinfection par B.1.617.2 ont été observés outre-Manche, “mais ce phénomène est prévisible pour toute variante dominante”, tempèrent les autorités françaises. Les premières données d’Angleterre suggèrent que l’efficacité des vaccins resterait presque aussi bonne que contre B.1.1.7, mais à condition que deux doses soient administrées. Sur plus de 4 500 personnes infectées par cette variante et dont le statut vaccinal est connu, près des trois quarts n’ont pas encore reçu de dose. À l’échelle nationale, plus de la moitié de la population a déjà reçu au moins une dose. «Nous manquons de données solides», mais «les premières informations sont rassurantes», souligne le Conseil scientifique dans son avis rendu public ce vendredi.

«Avant le début de la vaccination, il me semblait une illusion de croire que nous pouvions contrôler la propagation de telle ou telle variante de différentes manières. J’ai révisé mon jugement, je reconnais que contrôler efficacement les chaînes de transmission associées à une nouvelle variante inquiétante permet de gagner du temps pour la vaccination », a déclaré Florence Débarre, chercheuse CNRS en biologie évolutive. La «course au compteur» entre les variantes et la vaccination est donc plus d’actualité que jamais.